Dalam kancah organisasi Muhammadiyah, Baha tercatat sebagai Ketua Muhammadiyah Cabang Sumenep periode 1954-1963. Selain itu, dia juga tercatat sebagai salah satu anggota Pimpinan Pusat Majelis Tarjih Muhammadiyah 1959-1963, serta Ketua IV Majelis Ulama Indonesia (MUI) Jawa Timur 1975-1979. Kepala SMA Yayasan Pesantren Sumenep dan dosen IKIP Negeri, ini juga pernah mendirikan Akademi Metafisika.
Selain mengasuh Pesantren Kepanjen Sumenep, juga menjabat Kepala Departemen Agama Kabupaten Sumenep (1975-1977), dia juga pernah dipercaya sebagai Ketua Umum Gabungan Usaha Perbaikan Pendidikan Islam (GUPPI) Jawa Timur periode 1971-1979. Selain itu, selama 41 tahun, 1938-1979, KH. Baha juga dipercaya sebagai Ketua Perikatan Muslim Tionghoa Sumenep (Perimutis) yang didirikan pada 19 Maret 1938,
(Baca:Dua Kyai Lahirkan Tokoh Nasional Penerima PWI Jatim Award)
Sementara dalam ranah perjuangan nasional, Bahauddin pada tahun 1947 dipercaya sebagai komandan Resimen Hizbullah Sumenep 1947-1949. Sebelumnya, dia juga tercatat sebagai Ketua Badan Pembantu Kesejahteraan Keluarga Prajurit PETA (BPKKPP) Sumenep sejak tahun 1942 hingga 1945. Sementara dalam ranah perpolitikan nasional, dedikasinya dipertaruhkan dengan menjadi Ketua Majelis Syura Muslimin Indonesia (Masyumi) Sumenep sejak 1954 hingga partai ini dipaksa bubar oleh penguasa Orde Lama pada 1960.
Kemudian ketika elemen Muhammadiyah eks Masyumi mendirikan Partai Muslimin Indonesia (Parmusi), Baha pula yang dipercaya sebagai Ketuanya untuk Kabupaten Sumenep (1968-1971). Dalam ranah ini pulalah, dia pernah tercatat sebagai anggota Dewan Perwakilan Rajyat Daerah (DPRD) Jawa Timur pada tahun 1975-1977.
Berkat jasa-jasanya dalam perjuangan kemerdekaan RI, Baha mendapat surat penghargaan dari Kementrian Pertahanan RI yang ditandatangani oleh Mayor Soebijono pada 1954. Walaupun demikian dia tidak bersedia menjadi anggota veteran, karena perjuangannya itu bukanlah untuk mencari imbalan jasa. KH. Bahaudin Mudhary, berpulang ke rahmatullah Selasa, 4 Desember 1979 di Surabaya, dimakamkan di pemakaman keluarga Jeruk Purut Pamolokan Sumenep.
Selama hidup, K.H. Bahaudin Mudhary pernah menikah sebanyak tiga kali, dan dikaruniai duabelas putra dan putri. Dari pernikahan dengan istri pertama: Hj. Siti Kartini, yang juga Ketua Aisyiyah Sumenep 1959-1969, pasangan ini dikaruniai tujuh putra-putri: Hj. Azasi Daulati, H. Ariskul Fikri, Hj. Asfi Raihani, H. Asrori Hermani, Hj. Anwaril Qomari, Afnani Hawari, dan Ahsani Taqwim.
Kemudian dari pernikahan dengan istri kedua: Hj. Hasaniah, dikaruniai 3 putra-putri: Ali Fikri, Hj. Asri Nafari dan Hj. Aini Izzati. Sementara dari pernikahan dengan istri ketiga: Hj. Kutsiah, dikaruniai 2 putra-putri: Hj. Autari Asnawati dan H. Achsanul Qosasi, salah satu tokoh Partai Demokrat yang menjadi anggota DPR RI 2009-2014, anggota Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) RI, dan tentu saja pemilik Klub Sepakbola Madura United FC.
