Bagaimana dengan mutasi varian Omicron?
Berdasarkan analisis Whole Genome Sequencing (WGS), varian Omicron memiliki setidaknya 50 mutasi sepanjang genomnya, yang membedakannya dari strain asli SARS-CoV-2. Tiga puluh di antaranya terjadi pada gen S (spike), beberapa di antaranya tumpang tindih dengan mutasi yang sebelumnya diidentifikasi pada VOC lain (Alpha, Beta, Gamma dan Delta), serta sejumlah mutasi yang dianggap unik pada varian Omicron.
Protein S atau protein tanduk SARS-CoV-2 adalah bagian dari virus yang mengenali dan mengikat reseptor ACE2 manusia. Perotein tanduk (spike) ini sangat penting bagi virus untuk menginfeksi sel manusia dan merupakan target utama vaksin Covid-19, serta antibodi netralisasi yang ditimbulkan oleh infeksi alami. Mutasi yang menyebabkan perubahan pada struktur dan/atau fungsi spike atau tanduk ini memungkinkan virus kurang dapat dikenali oleh antibodi yang ada.
Adanya beberapa mutasi di wilayah kunci gen S varian Omicron ini, termasuk pada domain pengikatan reseptor (RBD), situs pemecahan furin dan supersite antigen N-terminal domain (NTD) ini masih perlu dipelajari dan diteliti lebih lanjut, efeknya terhadap peningkatan penularan, efektifitas vaksinasi, dan juga cara deteksi varian Omicron.
Tingginya mutasi pada gen spike varian Omicron ini yang dikhawatirkan dampaknya oleh para peneliti terutama terhadap kecepatan penularan dan efektifitas vaksin yang saat ini digunakan. Protein spike terdiri dari 2 subunit (S1 dan S2) yang harus dipisahkan satu sama lain untuk memediasi fusi membran memasuki sel inang dan bereplikasi dalam sel inangnya.
Situs pemecahan furin yang ada diantara kedua sub-unit protein S1 dan S2 merupakan situs yang penting di mana pemisahan itu terjadi. Situs pemecahan rantai protein S1 dan S2 oleh enzim protease ini merupakan elemen kunci dari patogenesis SARS-CoV-2, dan mutasi di wilayah ini telah dikaitkan dengan peningkatan infeksi dan penularan. Furin adalah endoprotease seluler yang secara proteolitik mengaktifkan berbagai substrat proprotein, termasuk protein S (spike/tanduk) pada virus SARS-COV-2.
Adanya mutasi pada situs pemotongan furin ini menyebabkan pemotongan rantai protein S1 dan S2 semakin efektif, sehingga mutasi pada gen ini dikaitkan dengan kecepatan varian Omicron memasuki sel inang dan dengan mudah dapat bereplikasi.
Sebagai contoh, misalnya varian Alpha, Delta dan Omicron memiliki substitusi prolin menjadi arginin pada posisi 681 (P681H). Mutasi ini membuat situs pemotongan lebih dapat dikenali oleh enzim furin, memfasilitasi pemecahan protein spike (S) sehingga membuat infeksi lebih efisien.
Selain itu varian Gamma dan Omicron memiliki mutasi tambahan, substitusi histidin menjadi tirosin pada posisi 655 (H655Y), yang terletak di dekat situs pemecahan furin, walaupun hal ini masih memerlukan pemahaman lebih lanjut.
Bagaimanapun juga, penelitian lanjutan masih perlu dilakukan untuk mempelajari banyaknya mutasi dan efek dari mutasi-mutasi unik pada varian Omicron ini.
Baca sambungan di halaman 4: Bagaimana varian Omicron terdeteksi?
